Ο Γιάννης Ιωαννίδης είναι Διευθυντής του Κέντρου Έρευνας και Πρόληψης του Stanford και κάτοχος της έδρας C.F. Rehnborg για την Πρόληψη Νοσημάτων στο Πανεπιστήμιο Stanford. Είναι επίσης καθηγητής Στατιστικής στη Σχολή Ανθρωπιστικών Επιστημών του Stanford, ένας εκ των 2 Διευθυντών στο Κέντρο Μετα-ερευνητικής Καινοτομίας του Stanford, μέλος του Αντικαρκινικού Ινστιτούτου του Stanford και του Καρδιαγγειακού Ινστιτούτου. Είναι επίσης Διευθυντής του Διδακτορικού προγράμματος Επιδημιολογίας και Κλινικών Μελετών.
Γεννήθηκε στη Νέα Υόρκη το 1965, όμως μεγάλωσε στην Αθήνα. Αποφοίτησε το 1984 από το Κολλέγιο Αθηνών, και ήδη από τα μαθητικά του χρόνια κέρδισε πολλά βραβεία, συμπεριλαμβανομένου του Εθνικού Βραβείου της Ελληνικής Μαθηματικής Εταιρείας. Επίσης αποφοίτησε κορυφαίος του τμήματός του στη Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών το 1990. Συνέχισε στο ίδιο Πανεπιστήμιο αποκτώντας διδακτορικό στην Βιοπαθολογία. 

Εκπαιδεύτηκε στο Harvard και Tufts, όπου εξειδικεύθηκε στην εσωτερική παθολογία και στα λοιμώδη νοσήματα, και αμέσως μετά εργάστηκε στο NIH, στο Johns Hopkins και στο Tufts.
Από το 1999 έως το 2010 ήταν Πρόεδρος του Τμήματος Υγιεινής και Επιδημιολογίας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων και από το 2003 είναι επισκέπτης καθηγητής.
Έχει διατελέσει επιστημονικός και εργαστηριακός συνεργάτης στην Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Tufts από το 1996. Από το 2008 έως το 2010 ήταν επικεφαλής του Τμήματος Γενετικής/ Γονιδιωμάτων του Ινστιτούτου Κλινικής και Μεταγραφικής Επιστήμης του Tufts και του Κέντρου Γενετικής Επιδημιολογίας και Μοντελοποίσης του Tufts.
Επίσης, διετέλεσε συνεργαζόμενος καθηγητής επιδημιολογίας στη Σχολή Δημόσιας Υγείας του Harvard και επισκέπτης καθηγητής επιδημιολογίας και βιοστατιστικής Imperial College του Λονδίνου.

Έχει τιμηθεί με επίτιμους τίλους και ανώτατες διακρίσεις από πολλά πανεπιστήμια και ερευνητικούς οργανισμούς, μεταξύ των οποίων τα: European Award for Excellence in Clinical Science [2007], Medal for Distinguished Service, Teachers College, Columbia University [2015], Chanchlani Global Health Award [2017], Epiphany Science Courage Award [2018], Einstein fellow [2018].

Ανήκει στους 10 επιστήμονες με τις περισσότερες δημοσιεύσεις παγκοσμίως. «Αυτό αποδεικνύει ότι οι μετρήσεις των επιστημονικών αναφορών είναι πολύ αναξιόπιστες, καθώς υπολογίζω ότι έχω απορριφθεί περίπου 1.000 φορές στη ζωή μου», λέει ο ίδιος. Έγινε γνωστός στην παγκόσμια ιατρική κοινότητα, το 2005 με την πολυσυζητημένη εργασία του «Γιατί τα ευρήματα των περισσότερων δημοσιευμένων επιστημονικών ερευνών είναι αναληθή». Μάλιστα, είναι το περισσότερο διαβασμένο άρθρο στην ιστορία της Δημόσιας Βιβλιοθήκης της Επιστήμης με πάνω από 2,5 εκατομμύρια αναγνώσεις.

Είναι συγγραφέας 7 βιβλίων. Τα βιβλία του ("Τοκάτα για την κόρη με το καμένο πρόσωπο" [Κέδρος 2012], "Παραλλαγές πάνω στην τέχνη της φυγής" και "Ένα απονενοημένο ριτσερκάρ" [Κέδρος 2014]) βρεθηκαν στις βραχείες λίστες του Αναγνώστη για τα καλύτερα βραβεία της χρονιάς. Το τελευταίο του βιβλίο "Tractatus για την έκτη φήμη" δημοσιεύτηκε τον Απρίλιο του 2016.